Quando as pessoas falam em "Docker", normalmente se referem ao Docker Engine, o aplicativo cliente-servidor composto do daemon Docker, uma API REST que especifica interfaces para interagir com o daemon e um cliente de interface de linha de comando (CLI) que se comunica com o daemon (por meio do wrapper REST API). O Docker Engine aceita comandos docker da CLI, como docker run <image>, docker ps para listar contêineres em execução, docker image ls para listar imagens e assim por diante.
Docker Machine é uma ferramenta para provisionar e gerenciar seus hosts Dockerizados (hosts com Docker Engine neles). Normalmente, você instala a Máquina Docker em seu sistema local. Docker Machine tem seu próprio cliente docker-machine de linha de comando e o cliente Docker Engine (Docker). Você pode usar o Machine para instalar o Docker Engine em um ou mais sistemas virtuais. Esses sistemas virtuais podem ser locais (como quando você usa a Máquina para instalar e executar o Docker Engine no VirtualBox no Mac ou Windows) ou remotos (como quando você usa a Máquina para provisionar hosts Dockerizados em provedores de nuvem). Os próprios hosts Dockerizados podem ser considerados, e às vezes são chamados de "máquinas" gerenciadas.
Resumindo, com o Docker Machine você gerencia um ou vários Docker Engines, onde em cada um você tem suas imagens e gerencia elas através do CLI. Quando falamos em Docker estamos em um nível mais próximo do desenvolvimento (subir aplicações e gerenciá-las), quando falamos em Docker Machine estamos mais próximo da infra (prover máquinas para as equipes subirem e gerenciarem suas aplicações). Obs: Não que a infra não esteja envolvida no processo de subir aplicações e gerenciá-las, mas com certeza o dev está mais longe de prover máquinas ;)
O Docker Machine pode ser usado em conjunto com o Docker Swarm, provendo as VMs que o Swarm vai orquestrar.
Fonte: https://docs.docker.com/machine/
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