As vezes existem projetos legados que usam a implementação do hibernate diretamente ao invés do JPA, e pode ser de interesse passar a usar a especificação ao invés da implementação diretamente. Porém nem sempre isso pode ser feito de uma vez: imagine um aplicação que usa muita criteria do hibernate.
Nesse caso, você pode criar um arquivo persistence.xml e dentro dele chamar o arquivo do hibernate para aproveitar as configurações do arquivo que já existe, isto é possível através da seguinte propriedade dentro do persistence.xml:
<property name="hibernate.ejb.cfgfile" value="/hibernate.cfg.xml"/>
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